Composée d'élus métropolitains, chaque commission élit un vice-président. Traitant chacune un domaine d'intervention particulier, les commissions jouent un rôle déterminant dans l'élaboration des projets et des actions de la métropole. Lieux de concertation, elles se réunissent en fonction d'un ordre du jour fixé par leur vice-président. Le Président de la Métropole est Président de droit de toutes les commissions.

Toulon Provence Méditerranée a instauré 11 commissions le 15 juillet 2020, chacune étant composée de 12 élus métropolitains.

• Commission Aménagement du Territoire, planification et stratégie foncière
• Commission Culture et Patrimoine
• Commission Politique de la Ville et Habitat
• Commission Espaces Publics et Proximité
• Commission Protection de l'Environnement, Développement durable, Transition écologique et énergétique
• Commission Finances et Administration générale
• Commission Attractivité économique et développement numérique
• Commission Innovation, Enseignement supérieur et Recherche
• Commission Jeunesse et Sports
• Commission Mobilités