Carnivore, la Cistude est un prédateur très opportuniste avec un régime alimentaire varié : coléoptères, larves d’odonates… La Cistude est un animal dit ectotherme ou « à sang-froid », c’est-à-dire que sa température corporelle se rapproche de la température ambiante. Elle a donc besoin de bains de soleil réguliers, mais à la moindre alerte elle plonge dans l’eau et disparaît. Pendant la saison froide, d’octobre à février-mars, la Cistude hiberne en s’enfouissant sous l’eau dans la végétation ou la vase.

Sa période d’activité débute en mars et avril avec la reproduction puis la ponte qu’elle ira déposer sur la terre ferme. Elle creuse un trou avec ses pattes postérieures, en humidifiant si nécessaire la terre avec l’eau contenue dans son cloaque, pour y déposer délicatement ses oeufs, puis le rebouche. Les oeufs n’éclosent qu’à l’automne. Le sexe des nouveau-nés est en partie déterminé par la température durant l’incubation : moins de 28°C des mâles vont éclore, plus de 28°C, ce seront des femelles. La Cistude est l’une des espèces de reptiles les plus menacées en Europe notamment à cause des activités humaines : disparition des zones humides, curage des canaux, girobroyage des berges, capture par des engins de pêche, pollution, prélèvement et mortalité routière. Enfin, la compétition avec les espèces introduites envahissantes et notamment les tortues américaines dites Tortues de Floride ou Tortues à tempe rouge Trachemys scripta elegans.